Фамилия Мирзахаянц — редкий пример, в котором сочетаются восточное имя и армянский патронимический суффикс. Основа фамилии — тюркско-персидское имя Мирзаха (или Мирза-хан), где «мирза» (от персидского «амирзаде») означает «княжич» или «сын эмира», а «хан» — тюркский титул верховного правителя. Вместе они образовывали составное имя-титул, которое давали знатным людям, часто чиновникам или военачальникам. Встречается и форма Мирза-Хан, где оба компонента выступают как титулы.

Суффикс -янц (в русской передаче часто пишется через «а» — -янц, хотя в оригинале может быть -янц или -енц) — это классический армянский патроним, указывающий на принадлежность к роду. Он означает «из рода» или «потомок». Таким образом, Мирзахаянц — это «потомок Мирзахана» или «из рода Мирзаханов». В отличие от русского суффикса -ов/-ев, который закреплял фамилию за главой семьи, армянский -янц часто сохранял форму родительного падежа множественного числа, то есть «из семьи Мирзаханов».

Географически фамилия тяготеет к регионам исторической Армении, где было сильно персидское и тюркское влияние — это Нагорный Карабах, Зангезур, а также восточные области Турции (Западная Армения). В Российской империи носители фамилии чаще всего были мещанами или купцами, реже — дворянами, так как титул «мирза» не всегда означал реальное дворянство, а мог быть прозвищем зажиточного человека. В советское время фамилия встречалась в основном в среде армянской интеллигенции и технической элиты, но осталась малочисленной.

Особенность фамилии в том, что она не поддаётся простой этимологии по русским правилам: корень здесь не «мир» и не «заяц», а сложный восточный антропоним. Если встретится вариант Мирза-Хаянц (через дефис и с «а» после «х»), то это та же фамилия, просто записанная с попыткой передать произношение. В современной Армении фамилия встречается редко, чаще у потомков эмигрантов из Западной Армении или у армян, живших в Грузии и Азербайджане.