Фамилия Мисержи — редкий случай, когда корень явно не славянский, а суффикс указывает на польскую или белорусскую обработку. Основа здесь — «мисер» или «мизер», что восходит к латинскому miser — «бедный, жалкий, несчастный». В польском языке слово mizerny означает «худой, тщедушный, жалкий», а mizerak — «бедняк, заморыш». Фамилия Мисержи, скорее всего, образована от прозвища Мизерга или Мисерга, которое давали человеку невысокого роста, слабого телосложения или небогатому. Суффикс -жи (-ża) характерен для польской и западнорусской ономастики, он превращает прозвище в фамилию по модели «чей?»: Мисерга → Мисержи (патроним или прозвищная фамилия).

Встречается также версия, что фамилия могла возникнуть от диалектного польского mizerja — «бедность, нужда». Тогда Мисержи — это человек, живущий в бедности, или потомок того, кого так прозвали за скудное хозяйство. В любом случае, значение связано с отсутствием изобилия, но не с уничижительным оттенком — в Средневековье такие прозвища были скорее констатацией факта, чем оскорблением.

Географически фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой: Польша, Беларусь, запад Украины. В России она встречается крайне редко, в основном у потомков переселенцев из этих земель. Интересно, что в некоторых польских говорах слово mizerak могло означать и «скупой человек» — так что не исключён вариант прозвища по характеру.

Форма Мисержи — это именительный падеж множественного числа (как «Петровы»), что типично для польских фамилий на -ski, -cki, -ż, -dz. В русской традиции её могли бы записать как Мисергин или Мисержов, но сохранилась оригинальная польская огласовка. Сравните с фамилиями Мизерницкий, Мизерский — все они от того же корня, но Мисержи стоит особняком благодаря редкому суффиксу.