Фамилия Мисеев — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается неочевидная основа. На первый взгляд, её легко принять за вариант фамилии Мисеев, но это не опечатка и не диалектное произношение. Модель образования здесь стандартная: суффикс -ев присоединился к основе Мисе- или Мисей-, что указывает на происхождение от личного имени или прозвища. Но какое имя легло в основу?

Самая вероятная версия ведет к крестильному имени Мисей. Это народная, разговорная форма церковного имени Мисаил (от древнееврейского «испрошенный у Бога»). В русской традиции имена на -ил часто упрощались: Даниил — Данила, Мисаил — Мисайло или Мисей. От формы Мисей и возникла фамилия Мисеев, то есть «сын Мисея». Фонетически фамилия могла закрепиться и как Мисеев, и как Мисеев — в зависимости от местного говора и того, на какой слог падало ударение в имени.

Есть и менее распространенная версия, которую, однако, не стоит сбрасывать со счетов. В некоторых говорах слово «мисей» или «мисяй» могло быть прозвищем, связанным с мямлей, нерешительным или медлительным человеком. Такое прозвище давали тому, кто «мисит», то есть мешкает, тянет время. Но эта гипотеза уступает первой по распространенности: фамилии от крестильных имен встречаются в разы чаще, чем от редких диалектных прозвищ.

Географически фамилия Мисеев тяготеет к южнорусским и центральным регионам. Её можно встретить в Воронежской, Курской, Тамбовской областях, а также на Украине (в написании Місєєв). В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами. Фамилия не относится к дворянским и не фиксируется в родословных книгах, что типично для патронимов, образованных от простонародных форм канонических имен.