Фамилия Мисетов встречается нечасто, и её происхождение — одна из тех загадок, где на первый план выходит не корень, а суффикс. Основа «Мисет» не имеет очевидного славянского значения. Скорее всего, перед нами тюркское или кавказское имя, которое легло в основу фамилии. В тюркских языках есть имя Мисет (вариант — Мисетхан), которое, вероятно, восходит к арабскому «мас’уд» — счастливый, благополучный. Этот корень дал и более известные фамилии Мисетовы, Мисетхановы.

Однако важнее то, как фамилия образована. Суффикс -ов указывает на классическую русскую модель патронима: «чей?» — Мисетов, то есть сын Мисета. Но вот что примечательно: в русских фамилиях от тюркских имён суффикс -ов — самый распространённый, а вот в осетинских, например, он же встречается, но реже. Если бы фамилия была осетинской, мы бы скорее увидели окончание -ты (Мисетты). Поэтому географически Мисетовы, скорее всего, сосредоточены в регионах, где русское население смешивалось с тюркским: в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири. Встречаются они и среди татар, башкир, чувашей, но уже в русифицированной форме.

Есть и другая, менее вероятная, версия: от прозвища «Мисет» — искажённого «миссия» или «место». Но для этого нет лингвистических оснований: в русских говорах такого прозвища не зафиксировано. Так что основная гипотеза — фамилия ведёт род от человека по имени Мисет, которое в свою очередь восходит к пожеланию счастья. Никаких известных дворянских родов с такой фамилией нет — это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше XVII–XVIII веков, когда начался массовый учёт податного населения.