Фамилия Мисенев — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы разобраться, стоит посмотреть на основу и географию. Наиболее вероятно, что в её основе лежит прозвище Мисень, которое, в свою очередь, могло быть образовано от глагола «мисить» — в некоторых говорах это означало «месить, мять, давить». Такое прозвище могли дать человеку, который занимался разминанием глины (для горшечника), теста (для пекаря) или, в переносном смысле, человеку медлительному, «мнущемуся» в делах. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «сын Мисеня», то есть «Мисенев» — потомок человека по прозвищу Мисень.

Вторая, менее распространённая версия, связывает фамилию с каноническим именем Мисаил (в просторечии — Мисай, Мисей). От уменьшительной формы Мисеня, с суффиксом -ен-, могла образоваться фамилия, прошедшая через стадию отчества. Однако эта версия менее убедительна: имя Мисаил в народе чаще давало фамилии Мисаилов, Мисайлов, а форма «Мисеня» для него нехарактерна.

Обращает на себя внимание и суффикс -енев, который в русской ономастике встречается реже, чем -ов или -ин. Он характерен для фамилий, образованных от основ на мягкий согласный (как, например, Коренев, Боленев). Это ещё раз подтверждает, что исходное прозвище звучало как «Мисень» — с мягким знаком на конце.

Географически фамилия Мисенев не привязана к какому-то одному региону, но отдельные упоминания встречаются в документах по северным и центральным губерниям России, что косвенно указывает на возможное бытование прозвища в новгородских или владимирских говорах. В любом случае, это «прозвищная» фамилия, возникшая не из церковного имени, а из живого народного слова, описывающего занятие или характер человека.