Фамилия Мисенковы образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий, а точнее — к модели с суффиксом -енков. Этот суффикс — характерная примета фамилий, сложившихся в северных и центральных русских землях, где патронимы (имена по отцу) часто оформляли с уменьшительным -енко, а затем адаптировали под великорусское окончание -ов. Так что Мисенков — это буквально «сын Мисенка», то есть внук или потомок человека, которого звали Мися.

Скорее всего, прозвище Мися восходит к украинскому слову «мiський» — «городской». Городом в старину называли небольшое поселение, обнесенное городьбой (огородом). Видимо, предок обладателя этой фамилии переселился из города в деревню, за что и получил прозвище Мися. Такая версия выглядит правдоподобной: прозвища по происхождению или месту прежнего жительства давали часто, и они легко закреплялись за человеком в новой среде. Если предок действительно пришел из города, соседи могли звать его «городским» даже спустя поколения.

Согласно другой версии, в основе фамилии лежит глагол «мiсити» — «месить». В этом случае Мисей могли прозвать пекаря, который месит тесто, либо гончара, который месит глину. Обе профессии были уважаемыми и распространенными, поэтому и прозвище могло возникнуть независимо в разных семьях. Из-за этого фамилия Мисенковы может иметь разные корни у разных родов: одни Мисенковы, возможно, пошли от «городского» человека, другие — от мастера, работавшего руками.

Как именно произносили основу — Мися или Мисей — сегодня сказать трудно. В разговорной речи украинское «мiський» звучало бы как «миський», отсюда и форма Мися. А от глагола «мiсити» скорее ожидалось бы прозвище Мис, но уменьшительная форма Мися тоже возможна. Так что обе гипотезы укладываются в словообразовательную логику, и выбрать одну из них без дополнительных генеалогических данных нельзя.

Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Мися, со временем получил фамилию Мисенков. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был длительным и растянулся на несколько столетий. Ясно лишь, что фамилия сложилась не раньше XVI–XVII веков, когда патронимические прозвища начали закрепляться в качестве наследственных именований. В переписных книгах тех лет такие формы встречаются повсеместно, но конкретные записи о Мисенковых пока не опубликованы, поэтому привязка к определенному уезду или городу остается делом будущих архивных разысканий.

Фамилия Мисенковы — замечательный памятник славянской письменности и культуры: в ней соединились живая народная речь, профессиональные прозвища и типичная для русского севера модель образования фамилий. Искать ее корни стоит в украинско-русском пограничье, откуда предки могли переселяться в великорусские земли, принося с собой и прозвище, и привычную форму имени.