Фамилия Мисеенков — хороший пример того, как украинская по происхождению основа «оделась» в типично русский суффиксальный «футляр». Ключ к разгадке — в суффиксе -енк-, который в украинской ономастике образует патронимы (имена по отцу) со значением «маленький», «сын такого-то». В украинском языке фамилия звучала бы как Мисенко (или Мисеенко), где корень — Мисе/Миса — восходит к православному имени Михаил в его народной, разговорной форме. Уменьшительно-ласкательные варианты имени Михаил на юге и западе России, а также на Украине давали такие формы, как Миса, Мись, Мися. Соответственно, Мисеенко — это буквально «Мисин сын» или «потомок Миси».

Дальше в дело вступает география и социальная история. Фамилия Мисеенков — это результат обрусения украинской фамилии при переселении носителей в великорусские губернии или при записи в ревизские сказки. Суффикс -ов был добавлен к уже готовой фамилии Мисеенко, чтобы подогнать её под стандартную модель русских фамилий (как Степаненко — Степаненков). Это типично для Курской, Воронежской областей, а также для Кубани и Ставрополья, куда массово переселялись украинские крестьяне и казаки в XVIII-XIX веках. Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был выходцем с территории современной Украины (Черниговщина, Полтавщина, Слобожанщина), которого в документах записали на русский манер.

Любопытная деталь: двойное «е» в корне (Мисеенков, а не Мисенков) может указывать на то, что исходная фамилия произносилась с отчетливым выделением второго гласного — Мисеенко, то есть от формы Мисей (ещё один вариант имени Михаил). Встречается написание и через «а» — Масеенков, что связано с аканьем, но это уже другая ветвь. В любом случае, это фамилия одного корня с более известными Мисеевыми, Мисиными и Мисяевыми.