Фамилия Мисенёва образована от мужского варианта Мисенёв, а тот, скорее всего, от прозвища или нецерковного имени Мисень. Основа здесь — корень «мис-», который в диалектах мог означать «миска», «чаша» или «мелкая посуда». В таком случае Мисенем могли назвать человека, который делал миски (гончара, бондаря) или, в переносном смысле, того, кто любил плотно поесть. Вторая, менее очевидная версия — связь с уменьшительной формой крестильного имени Михаил (Миха, Мисень) или Дмитрий (Митя, Мисень). Однако для фамилии Мисенёв первая, «прозвищно-ремесленная» гипотеза выглядит убедительнее: суффикс -енёв встречается в фамилиях, образованных от прозвищ с уменьшительным оттенком (ср. Козенёв, Рыбенёв).

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Мисенёв буквально значит «сын Мисеня». Такая модель типична для русских фамилий, сложившихся в XVI–XVII веках в среде крестьян и посадских людей. Поскольку в основе лежит не церковное, а бытовое прозвище, можно предположить, что первый носитель фамилии не принадлежал к высшим сословиям — дворянство редко закрепляло за собой такие «ремесленные» фамилии.

Географически фамилия Мисенёва встречается в центральных и северных областях России, чаще всего в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. В этих краях слово «мисень» могло бытовать в значении «деревянная миска» или «круглое углубление». Встречается также вариант написания через «ё» — Мисенёва, что закреплено в официальных документах, но в разговорной речи ударение может падать как на второй, так и на третий слог.

В ономастических справочниках фамилия Мисенёв не относится к числу широко изученных, но её прозрачная внутренняя форма даёт довольно надёжную реконструкцию: предок носителя фамилии был либо мастером по изготовлению деревянной посуды, либо человеком с прозвищем, связанным с едой. Дворянского герба или внесения в родословные книги у этой фамилии не обнаружено — она осталась крестьянской, что делает её типичным примером русской фамилии, возникшей из повседневного быта.