Фамилия Мисеюк образована по восточнославянской модели с суффиксом -юк, который характерен для украинской и отчасти белорусской ономастики. Такие фамилии чаще всего возникали в западных регионах Украины — на Волыни, Подолье, в Галиции. Суффикс -юк присоединялся к основе имени или прозвища и означал «маленький», «сын» или «потомок» того, кто это имя носил. Таким образом, Мисеюк — это «сын Миса» или «потомок Миса».

Основа фамилии — Мис — восходит к краткой форме крестильного имени Михаил. В народной украинской и белорусской традиции имя Михаил давало множество производных: Мисько, Мися, Мисюк, Мисей. Форма Мисей (или Мисай) могла быть как уменьшительной от Михаила, так и самостоятельным именем, встречающимся в церковных святцах. В некоторых говорах Мисей — это вариант имени Моисей, но для фамилии Мисеюк более вероятна связь именно с Михаилом: это имя было одним из самых распространённых в православной среде, и его производные дали огромное количество фамилий.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища Миса, которое могло указывать на человека, имевшего отношение к миске или чаше (от слова «миса»). Однако в таком случае фамилия скорее звучала бы как Миско или Мищенко. Для Мисеюка решающую роль играет суффикс -ей-: он указывает на именную основу, а не на предметную.

Социально фамилия Мисеюк относится к крестьянским и казацким. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии на -юк встречаются в реестрах Запорожского войска и в метрических книгах православных приходов Поднепровья. Носители фамилии Мисеюк, скорее всего, были свободными земледельцами или казаками, а в более позднее время — мещанами небольших городов и местечек.

Сегодня фамилия Мисеюк нечастотна, но стабильно встречается в западных и центральных областях Украины, а также среди потомков украинских эмигрантов в Канаде, США и Аргентине. В России она редка и обычно указывает на украинские корни семьи.