Фамилия Мисечин — довольно редкая, но её происхождение укладывается в понятную словообразовательную модель. В её основе лежит разговорная форма крестильного имени Михаил — Мися. Уменьшительно-ласкательные варианты вроде Мися, Миса, Мисей были обычны в русской деревне, где полные имена в быту почти не использовались. К основе Мися добавился суффикс -еч- (как в фамилиях Иванович, Сидоров), а затем и типичный русский фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Мисечин, то есть сын или потомок Миси.

Менее вероятна, но возможна связь с украинским или белорусским словом «мис» (миска, чаша) или «мисочка». В таком случае прозвище мог получить гончар или человек с характерной внешностью (круглолицый, полный). Однако эта версия слабее: прозвища от посуды обычно имеют суффиксы -ник или -арь (Мисник, Мисарь), а Мисечин явно выстроен по антропонимической модели от личного имени.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где форма Мися встречалась чаще. Встречается она и в польском ономастиконе, но там скорее всего как вариант написания фамилии Misieczin, образованной от уменьшительного Misiek (от того же Михаил).

Социальный контекст прост: носители фамилии Мисечин в большинстве своём — потомки крестьян или мещан, получивших фамилию по имени деда или отца. Дворянских родов с такой фамилией в исторических документах не зафиксировано. В современных справочниках фамилия числится как редкая, с концентрацией в центральной России и на востоке Украины.