Фамилия Мисечина — редкий пример, где окончание -а не указывает на женский род, а является частью исконной мужской формы. В русской ономастике фамилии на -ин обычно образуются от основ, оканчивающихся на -а/-я (Миша — Мишин, Фома — Фомин), но здесь перед нами нестандартный случай: основа Мисеч- плюс суффикс -ин дали форму, которая на письме совпадает с женским вариантом. На деле это полноценная мужская фамилия, которую не нужно склонять иначе, чем, скажем, фамилию Птицын.

Корень Мисеч- восходит к уменьшительной форме имени Мисаил. Мисаил — древнееврейское имя, означающее «испрошенный у Бога», в православных святцах оно встречается нечасто, но в крестьянской среде давало множество производных: Миса, Мися, Мисечка, Мисека. Фамилия Мисечина образовалась от прозвища Мисеча — так в быту звали человека, носившего полное имя Мисаил. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мисечин, то есть сын или потомок Мисечи.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «мисега» — так в некоторых говорах называли неуклюжего или медлительного человека. В этом случае прозвище Мисеча могло закрепиться за носителем определённых черт характера, а фамилия пошла от него. Однако церковное происхождение через имя Мисаил выглядит убедительнее: такие фамилии чаще встречаются в среде бывших монастырских крестьян и духовенства, где библейские имена были в ходу.

География фамилии узкая. Основные носители Мисечины зафиксированы в центральных областях России — в Тверской, Ярославской и Костромской губерниях. Это указывает на возможное происхождение из среды северо-восточного крестьянства, где имя Мисаил сохранялось дольше, чем на юге.

Интересная деталь: фамилия Мисечина встречается в дореволюционных метрических книгах в двух написаниях — через «и» и через «е» (Мисечина и Месечина). Второй вариант мог возникнуть под влиянием акающего произношения, когда безударное «и» звучало как нечто среднее между «и» и «е». Со временем написание закрепилось в современной форме, хотя в отдельных ветвях рода до сих пор можно встретить оба варианта.