Фамилия Мисесина, при всей своей внешней простоте, ставит перед исследователем несколько загадок. Её основа — Мисес — не имеет очевидных параллелей в славянском именослове, что заставляет искать корни либо в редких диалектных прозвищах, либо в иноязычных заимствованиях.

Словообразовательная модель здесь классическая для русского Севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность «сын такого-то» или «из семьи такого-то». Значит, предок носителя фамилии звался Мисесой. Но что означало это прозвище? Самая правдоподобная версия отсылает к греческому имени Мисаил (Μισαήλ), которое в русской традиции иногда сокращали до Миса или Мися. Однако форма Мисес могла возникнуть как просторечный вариант от Мисаил через промежуточное Мисес — с заменой окончания на более привычное для крестьянской среды. В этом случае фамилия Мисесин/Мисесина — одна из многих «календарных» фамилий, образованных от церковных имён, но в необычной, усечённой форме.

Есть и вторая, более редкая гипотеза. В некоторых говорах «мисес» или «мисяс» могло быть прозвищем для человека с мягким, нерешительным характером — от глагола «мисить» (месить, мять) в переносном значении «мешкать, возиться». Но эта версия остаётся умозрительной: письменных фиксаций такого прозвища в исторических документах пока не обнаружено.

Географически фамилия Мисесина встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда. Наибольшее число носителей зафиксировано в Поволжье и на Урале — регионах, куда в XVII–XVIII веках активно переселялись крестьяне из центральной России. Это косвенно подтверждает версию о происхождении от церковного имени: на новых землях фамилии нередко упрощались и искажались под влиянием местных говоров.

Таким образом, Мисесина — скорее всего, фамилия, возникшая в крестьянской или мещанской среде как уменьшительно-притяжательное производное от имени Мисаил. Точных дат и известных носителей в открытых источниках нет, но сама фамилия — хороший пример того, как редкое календарное имя могло обрасти неожиданными формами на русской почве.