Фамилия Месенев (и её вариант Месенёв) происходит от прозвища Месень, которое в старину имело несколько значений. Самое распространённое из них — корм для домашних животных и птиц: сечка с отрубями или с мякиной. В некоторых говорах так называли и грязь, топкое место. Отсюда и две версии происхождения прозвища: либо его дали человеку, который держал скотину и заготавливал для неё корм, либо тому, кто жил в низине, на сырой, болотистой почве.

Более правдоподобной выглядит «профессиональная» версия, связывающая прозвище с глаголом «месить». Владимир Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет «месить» как «мять, комкать, толочь, перемешивать». В таком случае Меснем называли тестомеса на хлебопекарне или рабочего на месильне — заводе, где замешивали глину, например, для производства черепицы или кирпича. Эта версия логичнее: прозвища, данные по роду занятий, встречались чаще, чем «географические» или «бытовые», и они прочнее закреплялись за человеком.

Модель образования фамилии проста и типична для русских родовых имён: к основе Месень добавили притяжательный суффикс -ев, который указывал на принадлежность потомку человека с этим прозвищем. Изначально форма «Месенев» означала «сын Месеня», а со временем закрепилась как фамилия. Вариант с ударением на последнем слоге — Месенёв — возник из-за особенностей произношения в разных регионах, но на значение и происхождение это не влияет.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Месилов, Месин, Месоедов — показывает, что все они восходят к одному смысловому гнезду, связанному с замешиванием, приготовлением кормов или теста. Однако у Месенева есть своя особенность: суффикс -ень придаёт прозвищу уменьшительно-ласкательный оттенок, что было характерно для северных и северо-восточных говоров. Это позволяет предположить, что корни фамилии стоит искать именно в тех краях, где такие словоформы были в ходу.

Сведений о конкретных исторических носителях фамилии сохранилось мало, поэтому точных дат и имён привести нельзя. Но сам факт, что прозвище легло в основу фамилии, говорит о том, что предок Месеневых был заметным человеком в своей общине — либо умелым мастером, без которого не обходилось ни одно хозяйство, либо владельцем скота, чьё прозвище знали все соседи.