Фамилия Месенцев — одна из тех, где корень провоцирует на догадки, но не все из них верны. На первый взгляд кажется, что в основе лежит географическое название — река Мезень или город Мезень на севере. Однако тут работает окающий говор: в диалектах, где «е» произносили как закрытое «э» или даже «ё», слово «мезень» могло звучать как «месень». Но у фамилии есть и другая, более прозаичная версия.

Словообразовательная модель — суффикс -ев при основе на мягкий согласный. Это типичная русская патронимическая фамилия, отвечающая на вопрос «чей?». Основа «Ме́сень» (или «Ме́сенец») могла быть прозвищем или мирским именем. В старых говорах «месень» — это нечто маленькое, крошечное, от общеславянского корня со значением «мелкий» (сравните с украинским «мізинець» — мизинец). Тогда Месень — прозвище невысокого или младшего в семье человека. В пользу этой версии говорит и наличие фамилии Мезин (от «мезинец» — младший сын), а Месенцев — её вариант с иной огласовкой.

Менее вероятно, но возможно, что фамилия связана с ремеслом. В некоторых областях «месень» называли того, кто месит тесто или глину, то есть пекаря или горшечника. Однако эта версия слабее: для обозначения профессии чаще использовали суффикс -ник или -щик, а не -ень.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных регионах России — там, где «окали» и где корень «мез/мес» был распространён. В документах XVII–XVIII веков можно найти крестьян и посадских людей с фамилией Месенцев, что говорит о её простонародном происхождении. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Так что, скорее всего, предок современного Месенцева был либо невысоким человеком, либо младшим сыном в семье, которого в шутку или по обычаю прозвали Месенем. Фамилия не редкая, но и не массовая — её носители встречаются рассеянно по всей России, без явной региональной густоты.