Фамилия Мишкунец — редкий случай, когда географическая привязка видна почти сразу. Суффикс -ец в восточнославянских фамилиях чаще всего указывает на место рождения или проживания: так называли выходца из определённого села или города. В данном случае основа «Мишкун-» почти наверняка происходит от названия населённого пункта вроде Мишкуны или Мишкунцы. Такие топонимы встречаются на территории современной Беларуси и восточной Польши (например, деревня Мишкуны в Гродненской области). Таким образом, первый носитель фамилии, скорее всего, был переселенцем, которого в новом месте прозвали по прежнему месту жительства: «Мишкунец» — тот, кто родом из Мишкун.

Впрочем, не исключена и вторая, более личная версия. Основа «Мишк-» может быть производной от имени Михаил (в народных формах Мишка, Мишко). В таком случае суффикс -унец (а не просто -ец) — редкая уменьшительно-уничижительная или, наоборот, шутливая модель. Подобные образования встречаются в украинской и белорусской антропонимии: например, фамилии Хомунец (от Хома/Фома), Иванюнец. Тогда Мишкунец могло быть прозвищем человека по имени Михаил — возможно, младшего в семье или того, кого звали в быту «Мишкун» (как вариант ласкового обращения).

Интересно, что в официальных документах Российской империи фамилия почти не встречается. Это верный признак того, что она закрепилась в крестьянской среде западных губерний, где долго сохранялась местная традиция именования по деревне. Дворянский суффикс -ский здесь отсутствует, а окончание -ец вместо привычного -ов выдаёт скорее польское или белорусское влияние на словообразование. Так что предки Мишкунец — это, вероятнее всего, крестьяне-землепашцы или мелкие ремесленники из-под Лиды, Новогрудка или Волковыска, чью фамилию записал писарь, услышав на местном говоре «Мишкунец» вместо литературного «Мишкунский».