Фамилия Мишкин в подавляющем большинстве случаев — это классическая русская «сыновья» фамилия, образованная от личного имени. В её основе лежит не прозвище и не род занятий, а уменьшительная форма крестильного имени Михаил. С древнееврейского оно переводится как «богоравный» или «подобный Богу», и именно эта форма — Мишка — стала той самой основой, к которой прибавился притяжательный суффикс -ин. Такой суффикс в русской ономастике указывал на принадлежность: Мишкин означало «чей-то сын», то есть «сын Мишки».

Имя Михаил — одно из самых частотных на Руси, поэтому неудивительно, что его производные дали жизнь целому пласту фамилий: от Мишина и Мишкова до Мишуткина. Фамилия Мишкин стоит в этом ряду особняком: она сохранила просторечную, «домашнюю» форму имени, которая в старину не была грубой или пренебрежительной, а использовалась в быту наравне с полным именем. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был человеком простым, и его окружение звало его именно так — по-свойски, без официального пафоса.

Существует и вторая, менее вероятная, но любопытная версия. В некоторых говорах «мишкой» могли называть неуклюжего, косолапого человека — по аналогии с медведем, которого в народе издавна величали Мишкой. Однако эта гипотеза слабее: слишком много на Руси было Михаилов, чтобы прозвище от животного могло составить конкуренцию имени. Скорее всего, перед нами именно патронимическая фамилия, а не прозвищная.

Ещё одна деталь, которую часто упускают: в народном календаре существовал Михайлов день, который отмечали 8 ноября (по старому стилю). Родившегося в этот праздник или накануне его могли наречь Михаилом, а в быту — Мишкой, и это придавало фамилии дополнительный оттенок: она могла указывать не только на отца, но и на время рождения. Впрочем, для большинства носителей фамилии эта связь давно утрачена, и главное, что стоит помнить: Мишкин — фамилия, говорящая о глубоких крестьянских или рабочих корнях, о человеке, чьё имя звучало просто и по-родному.