Фамилия Мишкинюк — яркий пример антропонимической модели, характерной для западных регионов славянского мира, прежде всего для Украины и Беларуси. В основе фамилии лежит суффикс -юк, один из самых распространённых патронимических суффиксов на этих территориях. Он указывает на «малого», «потомка» или «слугу» человека, чьё имя или прозвище стало корнем. Здесь корень — Мишк(о), уменьшительная форма от имени Михаил. Таким образом, Мишкинюк — это буквально «сын Мишки» или «потомок Михаила». Аналогом в русской традиции стала бы фамилия Мишкин, но с иным суффиксальным оформлением.

Интересно, что суффикс -юк в украинской ономастике часто конкурирует с суффиксом -енко, и их выбор нередко зависел от местности. Фамилии на -юк преобладают на Волыни, в Полесье и на Подолье, в то время как -енко — классический признак центральной и восточной Украины. Поэтому Мишкинюк, скорее всего, ведёт родословную из западных областей Украины или юго-западных районов Беларуси, где процесс закрепления фамилий шёл активнее в XVI–XVII веках.

Само имя Михаил, от которого всё пошло, имеет древнееврейские корни и переводится как «кто как Бог». В христианской традиции это имя архангела, поэтому оно было чрезвычайно популярно в народе. Уменьшительная форма Мишко (или Мишка) в украинском языке не несла пренебрежительного оттенка, а была обычным бытовым вариантом, как, например, Сашко от Александр.

Встречается и более редкая, альтернативная версия происхождения. В некоторых говорах «мишко» могло быть прозвищем, связанным с медведем (от «мишка» — медведь). Однако для фамилий на -юк такая зооморфная основа менее типична, чем личное имя. Прозвище могло бы закрепиться, если бы его носитель обладал медвежьей силой или неуклюжестью, но имя Михаил даёт более логичное и массовое объяснение.

Фамилия не относится к числу дворянских или аристократических — это типичная крестьянская или казацкая фамилия, возникшая в среде, где отчество постепенно превращалось в наследственное родовое имя. Носители Мишкинюк — это потомки простых людей, ремесленников или землепашцев, чью родословную можно проследить по метрическим книгам и ревизским сказкам западных губерний Российской империи.