Фамилия Мишуденко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс изначально имел значение «малый», «сын» или «потомок»: Мишуденко — буквально «Мишудин сын» или «потомок Мишуда». Такие фамилии массово закрепились в Левобережной Украине (Черниговщина, Полтавщина, Слобожанщина) в XVII–XVIII веках, когда казацкая старшина и крестьяне переходили от прозвищ к наследственным именованиям.

Основа фамилии — имя или прозвище Мишуда. Скорее всего, это народная форма крестильного имени Михаил (от древнееврейского «кто как Бог?»). В украинском языке имя Михайло дало множество уменьшительных форм: Михась, Мисько, Мишко, Мишук, а также Мишуда. Суффикс -уда нечастый, но встречается в южнорусских и украинских говорах для образования личных имён с оттенком ласкательности или фамильярности (ср. Ванюда, Петруда). Поэтому Мишуда — это «маленький Миша» или «Миша, которого ласково называют».

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с польским или белорусским словом «мишуда» (от «миш» — мышь, либо от глагола со значением «мешать, путать»). Однако для украинской антропонимии такое объяснение натянуто: фамилий с корнем «мыш-» (Мишенко, Мишура) много, но они обычно опираются на имя Мышь (прозвище ловкого или серого человека), а не на заимствование. Правдоподобнее всё же видеть в Мишуде производное от Михаила.

Фамилия Мишуденко редкая, не входит в списки самых распространённых. Основной ареал — центральные и восточные области Украины, а также юг России, куда фамилия попала с переселенцами. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии встречаются среди казаков и крестьян Черниговской и Полтавской губерний. Сословно фамилия не элитарная: суффикс -енко в те времена не указывал на дворянство, а был массовым для всех слоёв украинского общества, от крестьян до казацкой старшины.