Фамилия Мисхожев — редкий случай, когда географическая привязка видна почти сразу, но точное значение исходного слова остаётся под вопросом. Основа фамилии — топоним Мисхож, так называется балка (сухое русло реки) в бассейне реки Пшиш в Краснодарском крае, а также хутор, располагавшийся в тех местах. Фамилию, скорее всего, получил человек, который жил на этой балке или переселился оттуда, — типичная модель для русских фамилий на -ев, образованных от названий рек, урочищ и поселений (сравните: Ростовцев, Донской, Уралов).

Суффикс -ев (а не -ов) указывает на основу, заканчивающуюся на мягкий или шипящий согласный: Мисхож — Мисхожев. Само слово «Мисхож» имеет адыгские корни. В адыгейском языке «мышъэ» — медведь, а «хъожьы» — балка, овраг. То есть Мисхож — «медвежья балка». Это правдоподобное объяснение: в горных лесах Западного Кавказа медведи встречались часто, и названия в честь зверей давали многим урочищам. Вторая версия менее популярна: «мис» может восходить к личному имени или фамилии, а «хож» — к адыгскому «хъожьы» (сухой). Но первая версия, с медведем, логичнее и проще.

Сословный состав носителей фамилии определить сложно из-за её редкости. В дореволюционных записях Мисхожевы встречаются в основном среди казаков и крестьян Кубанской области, что естественно для фамилии, привязанной к местному топониму. В советское время фамилия не исчезла, но осталась локальной — основная масса носителей до сих пор живёт в Адыгее и Краснодарском крае, особенно в районах, прилегающих к балке Мисхож.

Интересная деталь: ударение в фамилии, судя по говорам, падает на второй слог — Мисхо́жев, хотя название балки местные произносят с ударением на первый: Ми́схож. Это говорит о том, что фамилия давно «оторвалась» от исходного топонима и живёт по законам фамильного ударения, которое в русских фамилиях часто смещается на суффикс или окончание.