Фамилия Мискун — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на иную, скорее всего, южнославянскую или западноукраинскую основу. Сама основа «миск-» может восходить к диалектному или профессиональному прозвищу.

Скорее всего, в основе лежит румынское или молдавское слово «миск» (mişc), означающее «движение», «шевеление», или производный глагол «а мишка» — «двигаться», «шевелиться». В таком случае прозвище Мискун могли дать непоседливому, вертлявому или очень подвижному человеку. Это объяснение поддерживается географией фамилии: она встречается в Молдове, на юго-западе Украины (Одесская, Черновицкая области) и среди молдавских общин России. Суффикс -ун в славянских языках (и в молдавском под влиянием славянского) часто образует прозвища по характерному действию: «крикун», «молчун», «скакун». «Мискун» — буквально «шевелящийся», «движущийся».

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «миск» — «кошка» (сравните с турецким «mişki»). Тогда прозвище Мискун могло означать «котёнок» или «кошатник» — человека, чем-то напоминающего кошку (повадками, мягкостью или хитростью). Однако эта гипотеза слабее, так как в тюркских языках суффикс -ун не так характерен для прозвищ, и фамилия почти не встречается в регионах с сильным тюркским влиянием.

Фамилия Мискун недворянская и нестарая — она не фиксируется в боярских списках и родословных книгах. Это поздняя фамилия, возникшая в среде крестьян или мещан на территории исторической Бессарабии. При переписях XIX — начала XX века её могли записать «на слух» как Мискун, Мискунь или Мыскун. Носители фамилии — это потомки людей, которые либо выделялись подвижностью, либо получили прозвище от соседей-молдаван за свою манеру поведения. Сейчас фамилия остаётся малочисленной, но её носители живут не только в Молдове и на Украине, но и в центральной России, куда предки переселились в советское время.