Фамилия Мисоночников образована от именования Мисоночник, которое, по мнению профессора А. Суперанской, восходит к именованию Мисоныч – отчеству от имени Мисон. Имя Мисон в свою очередь представляет собой уменьшительную форму мужского имени Мисаил, означающего в переводе с еврейского «подобный Богу». Одним из святых покровителей этого имени считается отрок Мисаил, который принадлежал к знатному роду и пострадал в царство Навуходоносора за отказ поклоняться языческим богам.