Фамилия Мисоночников — редкий пример того, как длинная русская фамилия выросла из короткого имени, пройдя через несколько ступеней словообразования. Если разобрать её до основания, получится цепочка: Мисаил → Мисон → Мисоныч → Мисоночник → Мисоночников. Каждое звено — это отдельная страница в истории семьи, и восстановить её можно довольно точно.

Начинается всё с канонического мужского имени Мисаил. В переводе с древнееврейского оно означает «подобный Богу» (в некоторых трактовках — «испрошенный у Бога»). Имя это церковное, пришло на Русь вместе с крещением и встречалось в святцах. Среди покровителей имени — ветхозаветный отрок Мисаил, знатный юноша, который вместе с Ананией и Азарией отказался поклониться золотому идолу в царство Навуходоносора и за это был брошен в огненную печь, но остался невредим. История эта была хорошо известна на Руси, поэтому имя пользовалось уважением, хотя и не стало массовым.

В народной среде длинное и непривычное Мисаил быстро сократили до Мисона — так на русской почве появилась уменьшительная форма. От неё по обычной модели образовали отчество Мисоныч (то есть сын Мисона), а уже от отчества — прозвище Мисоночник. Такая модель — когда отчество обрастает суффиксом -ник и превращается в самостоятельное прозвище — встречается нечасто, но именно она дала жизнь фамилии. Профессор А. Суперанская в своих работах по ономастике указывает на эту цепочку как на основную версию происхождения.

Суффикс -ник в данном случае указывает на человека, который каким-то образом связан с исходным именем: возможно, это был внук Мисона, носивший прозвище по деду, или человек, служивший в хозяйстве Мисоныча. Впрочем, в русских фамилиях суффикс -ник часто прикреплялся к отчеству просто для отличия одного носителя от другого, без особого смыслового наполнения.

Финальный суффикс -ов присоединился к прозвищу Мисоночник и превратил его в фамилию, отвечающую на вопрос «чей?» — то есть «сын Мисоночника». Так из редкого церковного имени через цепочку народных переделок получилась фамилия, которая звучит архаично и сразу выдает глубокие корни в крестьянской или мещанской среде. Носители фамилии Мисоночников, скорее всего, происходят из центральной России или Поволжья, где такие трёхступенчатые образования от имён встречались чаще всего.

Сегодня фамилия встречается крайне редко, что делает её особенно ценной для генеалогического поиска: каждое упоминание в архивных документах — это практически готовый фрагмент семейного древа.