Фамилия Мисонова — женская форма от Мисонов, и её разумнее всего разбирать, отталкиваясь от мужского варианта. В основе лежит имя или прозвище Мисон. Скорее всего, это производная форма от крестильного имени Михаил, которое в бытовой русской речи давало множество уменьшительных вариантов: Миса, Мисюк, Мисон. Модель образования проста: к основе Мисон добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, означающий «сын Мисона» или «из семьи Мисона». Суффикс -ин в аналогичных фамилиях (Мисонин) встречается реже, но тоже возможен.

Гораздо интереснее альтернативная версия, которая связывает фамилию с древнерусским нецерковным именем Мисон. В ономастике известны случаи, когда в основе лежало слово «мис» — так в некоторых говорах называли большую чашу, миску. Тогда Мисоном могли прозвать мастера, делавшего такую посуду, или человека, который, например, любил плотно поесть. Эта версия менее вероятна, чем производная от Михаила, но полностью исключать её нельзя: прозвища от названий предметов быта в русских фамилиях встречаются сплошь и рядом.

Географически фамилия Мисонова не привязана к одной узкой области, но чаще встречается в центральных и северных регионах России, где имя Михаил в форме Мисон было особенно распространено. В старых переписных книгах XVII века можно найти крестьян и посадских людей с таким именем, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях. Это указывает на демократичное происхождение: Мисоновы — потомки не бояр, а свободных земледельцев или ремесленников.

С точки зрения словообразования фамилия примечательна тем, что сохранила редкую усечённую форму имени, которая почти вышла из употребления. Если бы в основе был полный вариант, мы бы получили фамилию Михайлов — одну из самых частых в России. А Мисонов — как раз тот случай, когда распространённое имя дало нестандартное, более редкое фамильное прозвище. В современных справочниках фамилия не входит в число распространённых, но встречается устойчиво, что подтверждает её живую историю, а не случайное возникновение.