Фамилия Мисонов — одна из тех, что ставят перед исследователем загадку с первой буквы. Если бы она писалась через «е» — Месонов — вопросов было бы меньше: имя Меся (уменьшительное от Мефодий или Дементий) плюс притяжательный суффикс «-ов» давали бы «сын Месона». Но на письме закрепилась форма с «и», и это меняет всё.

Скорее всего, в основе фамилии лежит некалендарное, мирское имя или прозвище Мисон. В русских говорах слово «мис» фиксировалось в значении «миска» или «чаша» — отсюда могло пойти прозвище для человека, который делал или продавал деревянную посуду. Менее вероятна, но возможна связь с тюркским «мыс» (рог, выступ) или с греческим именем Мисон, которое носил один из семи мудрецов древности, но в крестьянской среде такие книжные заимствования редки.

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: основа на согласный плюс суффикс «-ов». Это указывает на то, что фамилия сложилась в XV–XVII веках, когда на Руси активно формировались отчества, переходящие в наследственные фамилии. Первым носителем был человек, которого в округе знали как Мисона — по имени или по ремеслу, а его дети стали Мисоновыми.

В документах фамилия встречается редко, что говорит о её локальном бытовании. Основной ареал — центральные и северные области России: Вологодчина, Костромская земля, отчасти Поволжье. В XIX веке Мисоновы записаны в основном как государственные крестьяне, реже — мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Интересная деталь: в некоторых переписях встречается вариант Миссин, где удвоенное «с» могло возникнуть под влиянием женской формы «Мисса». Но фамилия Мисонов избежала этого смешения. Она сохранила редкую основу, которая не даёт однозначной расшифровки — и в этом её ценность для ономастики. Каждая такая фамилия напоминает, что не все прозвища и имена дошли до нас в словарях, и часть народной истории остаётся только в фамилиях.