Фамилия Мисонжник — редкая и неочевидная. Вопреки интуиции, ее основа не связана с именем Мисаил или уменьшительной формой «Мисоня». Прозвище, от которого она произошла, скорее всего, описывало занятие человека, но не ремесло в привычном смысле, а специфическую социальную роль.

Вероятнее всего, в основе лежит диалектное слово «мисонжник» — так в юго-западных говорах могли называть нищего, который собирал подаяние не хлебом, а готовой едой, в частности «мисой» (то есть миской, плошкой). Отсюда и суффикс -ник, указывающий на деятеля: мисонжник — тот, кто ходит с мисой. Такая модель словообразования типична для прозвищ, закреплявших за человеком его манеру добывать пропитание или образ жизни.

Фамилия образована по простой притяжательной модели: Мисонжник + -ов. Первоначально Мисонжников — «сын Мисонжника», то есть потомок человека с таким прозвищем. Со временем суффикс -ов слился с основой, и в документах фамилия закрепилась в форме Мисонжник, что встречается у фамилий, происходящих от прозвищ с конечным -ник.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинско-белорусским территориям, где слово «миса» было в ходу. В великорусских говорах чаще использовали «миска» или «чашка», поэтому прозвище там бы не возникло. Это косвенно подтверждает версию о юго-западном происхождении.

Вторая, менее правдоподобная версия выводит основу из идишского «мисожник» — так могли называть человека, доставлявшего еду, что также связано с «мисой». Однако для славянской фамильной модели такая этимология менее органична, и версия с нищенством выглядит убедительнее.

Стоит отметить, что фамилия не дворянская и не купеческая: в старых переписях Мисонжники встречаются среди крестьян и мещан. Это согласуется с прозвищным происхождением — прозвища редко давали людям высокого сословия. Сегодня фамилия крайне редкая, что типично для прозвищ, которые не стали массовыми из-за неблагозвучности исходного значения.