Фамилия Миссонова — женская форма, а её носительницы чаще всего являются потомками мужчины по фамилии Миссонов. В центре внимания оказывается мужской вариант, который и хранит ключ к происхождению.

Самая вероятная версия — прозвищное происхождение от слова «мисс» или «миссон». В русских говорах «миссон» могло быть искажением французского mission (миссия, поручение) или же местным прозвищем для человека, который много путешествовал, выполнял важные поручения, возможно, был приказчиком или рассыльным. В дворянской среде XIX века было модно давать детям и прислуге французские прозвища, и «Миссон» могло закрепиться за гувернёром или лакеем, говорившим по-французски.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с католическим именем Миссон (от лат. missus — «посланный»), которое могло попасть в Россию через польское или украинское влияние. В этом случае фамилия образована напрямую от имени, без промежуточного прозвища.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель: «чей?» — Миссонов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Миссон. Фамилия редкая, нечастотная, и её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких семей, где прозвище закрепилось в качестве родового имени. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России, но точная география требует дополнительных генеалогических изысканий.