Фамилия Мистонова — женская форма, мужская — Мистонов. Она привлекает внимание необычной основой: корень «мистон» не встречается в списке частых русских прозвищ или крестильных имён. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского или кавказского происхождения, адаптированная русским суффиксом -ов.

Разберём словообразовательную модель. Суффикс -ов типичен для русских фамилий, образованных от отчества или прозвища отца. Основа «Мистон» могла быть личным именем или прозвищем. В тюркских языках есть слово «мист» (медь, латунь) с уменьшительным суффиксом -он, то есть «Мистон» — «медный», «медяк». Так могли прозвать медника, лудильщика или человека с рыжеватым, медным оттенком волос. Версия правдоподобна, потому что ремёсла, связанные с металлом, давали устойчивые прозвища у народов Поволжья и Кавказа.

Другой вариант — связь с осетинским или ингушским именем Мистон, которое, по некоторым данным, означает «маленький» или «младший» (ср. ингуш. «миста» — малый). В таком случае фамилия указывала на младшего сына в семье. Географически фамилия Мистонов встречается преимущественно в республиках Северного Кавказа (особенно в Ингушетии и Чечне), а также среди казачества Терской области, что подтверждает эту версию.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Мисто́нова. Это соответствует общерусской модели для фамилий на -ов от двухсложных основ.

Сравните с однокоренными фамилиями: Мистанов (от имени Мистан, «медный»), Мистулов (осетинская фамилия с суффиксом -ул). Мистонова стоит особняком — её основа без гласной в корне и редкая огласовка выдают заимствование, возможно, через арабскую письменность, где гласные не всегда передавались точно.

Таким образом, предки Мистоновых могли быть мастерами-медниками, либо младшими сыновьями в горских обществах, а сама фамилия закрепилась в русском делопроизводстве не позднее XIX века.