Фамилия Мисюткина — женская форма фамилии Мисюткин, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, от которого она образована. Основа здесь — «Мисютка», а это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Мисаил. В православных святцах Мисаил — имя нескольких святых, в переводе с древнееврейского означающее «испрошенный у Бога». В русской народной среде это имя быстро обрастало обиходными вариантами: Мисюта, Мисютка, отсюда и пошла фамилия.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Мисюткин буквально значит «сын Мисютки» или «человек из семьи Мисютки». Такая модель типична для северных и центральных регионов России, где отчества на «-ин» образовывали от имён и прозвищ с окончанием на -а/-я. В южных и восточных областях чаще использовали суффикс «-ов», так что Мисюткин — маркер определённой географической зоны бытования.

Интересная деталь: имя Мисаил не было широко распространённым, как Иван или Пётр, но встречалось в крестьянской и купеческой среде, особенно в XVII–XVIII веках. Поэтому фамилия Мисюткин — не частая, но и не уникальная: она фиксируется в переписях Рязанской, Тамбовской и Пензенской губерний. Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был из центральной России, и его родоначальника звали Мисаилом, которого в быту звали Мисюткой.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «мисюта» — так в некоторых говорах называли неряшливого или медлительного человека. Но большинство ономастов (в частности, работы Б. Унбегауна по русским фамилиям) склоняются к церковному происхождению, поскольку прозвищная версия не подкреплена устойчивой традицией в документах. Так что основное значение фамилии — «потомок Мисаила», без намёка на характер или ремесло.