Фамилия Мисюткин в своей основе почти наверняка имеет разговорную форму крестильного имени. Скорее всего, перед нами — производное от имени Михаил (в его уменьшительно-бытовых вариантах Мисюта, Мисютка). В русских говорах имя Михаил дробилось на множество обиходных форм: Мисаил, Мисюра, Мисюрка, Мисютка. Суффикс -к- в таких именах — показатель ласкательности или просторечности, а финальное -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Мисюткин, то есть сын или потомок Мисютки.

Менее вероятная версия связывает корень с диалектным словом «мисютка» — так в некоторых регионах называли маленького, щуплого человека, недоростка. Но даже если это прозвище, оно, скорее всего, вторично и восходит к тому же имени Михаил: Мисюткой могли прозвать младшего, хилого сына, а потом это прозвище закрепилось как фамильное. В любом случае, ономастический словарь Б. Унбегауна относит подобные образования к типично русским патронимическим фамилиям на -ин, образованным от форм на -а/-я.

Географически фамилия Мисюткин тяготеет к южнорусским и центральным областям. По данным современных телефонных справочников и архивных записей, наибольшая плотность носителей — в Тамбовской, Воронежской и Липецкой областях. Это косвенно подтверждает народную природу фамилии: она возникла в крестьянской среде, где имя Михаил было одним из самых распространённых, а его местные варианты легко переходили в фамилии.

Интересная деталь: в дореволюционных метрических книгах встречается написание «Мисюткин» через «и», но изредка — «Месюткин» (с «е»), что отражает акающее произношение южных говоров. Фамилия не относится к дворянским — её носители, как правило, государственные крестьяне, однодворцы или мещане. Никакой связи с тюркскими или финно-угорскими корнями тут нет, несмотря на необычное звучание: это чисто русская уменьшительная форма от канонического имени.