Фамилия Мисютина ведет начало от старинного русского имени Мисюта. Это не самостоятельное имя, а уменьшительно-ласкательная форма канонического имени Михаил. В переводе с древнееврейского оно означает «благонравный» или «подобный Богу». Так на Руси называли детей в домашнем кругу, а позже это прозвище закреплялось за человеком уже во взрослой жизни.

Основатель рода Мисютиных, судя по форме имени, был человеком из простого сословия. В крестьянской и посадской среде уменьшительные имена использовались повсеместно, в отличие от дворянских родов, где предпочитали полные формы. Потомок человека по прозвищу Мисюта со временем получил фамилию Мисютина — так на Руси отвечали на вопрос «чей ты?», называя отца или деда.

Сам суффикс -ин указывает на принадлежность: Мисютина буквально значит «дочь или жена Мисюты». В женском роде фамилия закрепилась за женщинами, но исторически она восходит к мужскому предку. Мужской вариант — Мисютин — образован по той же модели, что и многие русские фамилии от уменьшительных имен: Петя — Петин, Вася — Васин, Мисюта — Мисютин.

Представители фамилии встречаются в исторических документах разных регионов. В Книге памяти Кемеровской области упоминается Иван Данилович Мисютин, родившийся в 1894 году в селе М.-Песчанка Мариинского района. В документах Рязанской области сохранились сведения об Александре Семеновиче Мисютине, родившемся в 1921 году, и Семене Евсеевиче Мисютине, родившемся в 1881 году. Оба проживали в селе Шарапово Чучковского района. Эти записи показывают, что фамилия бытовала в Сибири и в центральной России, причем носители ее были крестьянами — именно их и фиксировали в метрических книгах и списках памяти.

Интересно, что имя Мисюта встречается и в древних актах. Например, в новгородских берестяных грамотах и писцовых книгах попадаются люди с таким прозвищем. Это подтверждает: фамилия Мисютина — не случайное образование, а часть живой традиции русских имен, уходящей корнями в допетровскую эпоху.