Фамилия Мисютин образована от имени или прозвища Мисюта. Это уменьшительная форма древнерусского крестильного имени Михаил, где суффикс -ют(а) придаёт ласкательный оттенок. В разговорной речи имя Михаил давало множество производных: Михей, Миша, Мишук, Мисюк, Мисюта. Фамилии с основой «Мис-» встречаются реже, чем с «Миш-» или «Мих-», и это делает Мисютина более локальной и узнаваемой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Мисютин, то есть потомок Мисюты. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я: Мисюта → Мисютин, как Федя → Федин, Кузьма → Кузьмин.

Вероятнее всего, предок носителя фамилии был крестьянином или посадским человеком. В XVI–XVII веках имя Мисюта фиксируется в писцовых книгах и актах Московского государства, особенно в южных уездах (например, в Рязанском крае). Можно встретить упоминания Мисюты — крестьянина или служилого человека по прибору. Фамилия не дворянская, не княжеская, а народная, из среды тех, кого в старину звали «черными людьми».

Интересно, что в некоторых говорах «мисюта» могло быть и прозвищем, связанным с диалектным словом «мисюк» — так в рязанских и тульских землях называли медлительного, вялого человека. Но это лишь гипотеза: прямое происхождение от имени Михаил надёжнее и подтверждается ономастическими данными.

Географически фамилия Мисютин распространена в центральных и южных областях России — в Тамбовской, Воронежской, Липецкой, Рязанской. Встречается и на Украине, но реже. Носители фамилии — потомки тех, кто жил в этих краях ещё до отмены крепостного права.