Фамилия Мисюна звучит нехарактерно для великорусского слуха — и это первая зацепка. В ней нет привычных суффиксов -ов, -ин, -ский, зато есть конечное -уна, которое выдает западнорусское или украинское происхождение. Такая модель образования (основа глагола или имени + -уна) встречается в белорусских и украинских фамилиях: Ткачук, Ковальчук, но здесь — Мисюна, где корень, скорее всего, восходит к имени или прозвищу.

Самая прямая версия: Мисюна — это производное от уменьшительной формы имени Михаил. В украинском и белорусском языках Михаила в быту называли Мись, Мисюк, Мисюра, а Мисюна — ласкательный вариант с суффиксом -ун(а). Такой способ образования типичен для прозвищ, которые затем закреплялись как фамилии в среде крестьян и казаков. То есть предок носителя фамилии Мисюна — это, по сути, «Михайлов сын» или просто человек по прозвищу Мисюна, то есть маленький или свойский Михаил.

Есть и другая, менее распространенная гипотеза: связь с диалектным глаголом «мисюнить» — в некоторых говорах так называли медлительного, вялого или плаксивого человека. Но эта версия слабее, поскольку глагол редкий и локальный, а имя Михаил — повсеместно. При этом ономасты (в частности, ссылаясь на работы Б. Унбегауна по украинским фамилиям) склонны видеть в таких формах именно антропонимическую основу.

Географически фамилия Мисюна распространена в основном на западе Украины, в Беларуси и в приграничных областях России — Брянской, Смоленской. Встречается она и у поляков, но в записи Misiuna. В Российской империи носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами, без привязки к дворянским родам. Сословных привилегий за этой фамилией не числится, что типично для прозвищных фамилий, возникших в народной среде.

В написании фамилии путаницы почти нет: варианты вроде Мисюна или Мисюнна встречаются редко, обычно это ударение на второй слог (Мисю́на). Если ваш предок носил эту фамилию, можно с высокой вероятностью сказать, что его звали Михаилом, а сама фамилия — уменьшительно-ласкательное прозвище, закрепившееся в документах.