Фамилия Мисюр — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, минуя типичные русские суффиксы -ов, -ин или -ский. Она так и осталась в форме чистого прозвища, что само по себе указывает на её возможное позднее закрепление или на то, что носитель был выходцем из среды, где фамилии оформлялись не по великорусской модели.

Корень фамилии — «мисюр» или «мисюрка». В русском языке XVII–XVIII веков так называли разновидность шлема с металлической макушкой и кольчужной сеткой для защиты шеи и лица. Это старинное восточное заимствование: слово восходит к арабскому «Миср» — Египет. Мисюрка попала на Русь через татар или турок и была распространена среди служилых людей, особенно поместной конницы. Прозвище Мисюр могли дать воину, который носил такой шлем, либо мастеру, который их ковал. Второй вариант — ироничное прозвище человека с круглой, блестящей головой или лысиной, напоминавшей купол шлема.

Другая версия, более прозаичная, связывает фамилию с диалектным словом «мисюр» — в некоторых говорах так называли скупого, жадного человека. Правдоподобность этой гипотезы ниже: слово это редкое, а прозвища по головным уборам на Руси встречались чаще, чем прозвища по чертам характера, образованные от малоупотребительных корней.

С точки зрения географии, фамилия Мисюр встречается в основном на юге России и в Беларуси — в зоне, где долго сохранялась традиция прозвищных фамилий без суффиксов. В украинской ономастике есть однокоренная фамилия Мисюра, а в польской — Misior. Это подтверждает, что основа была общеславянской, хотя и с разными путями заимствования.

Сословная принадлежность предков Мисюр могла быть разной: от казака или рейтара до кузнеца-оружейника. Но главное, что фамилия не потеряла своей прозрачности — в ней слышен звон металла и запах пороха, а не канцелярская запись по отцу.