Фамилия Мисюрин ведет начало от прозвища Мисюра. В его основе, скорее всего, лежит нарицательное «мисюрка» — так на Руси называли воинскую шапку с железной маковкой или теменем и кольчужной сеткой. Такие головные уборы были распространены в XVI–XVII веках, их носили и рядовые ратники, и служилые люди. Прозвище Мисюра, а затем и фамилию, мог получить военный, либо человек, чем-то напоминавший обладателя такой шапки — например, носивший её особо часто или выделявшийся в строю.

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования от основ на -а: Мисюра → Мисюрин, то есть «сын Мисюры». Это один из самых распространённых типов русских фамилий, и здесь он работает без сюрпризов.

Есть и другая версия, но она заметно слабее. Некоторые исследователи сближают прозвище с глаголом «мичуриться» — хмуриться, морщиться, глядеть исподлобья. Тогда Мисюрой называли угрюмого, сердитого человека. Однако семантический переход от «мисюрки» как предмета воинского снаряжения к прозвищу выглядит естественнее: прозвища по головным уборам в русской ономастике встречаются часто. К тому же связь с глаголом «мичуриться» фонетически менее прозрачна, хотя и не исключена полностью.

Интересно, что фамилия Мисюрин сохранила в себе память о довольно узком, специальном слове. «Мисюрка» — не повседневный предмет, а термин из военного дела, и это сразу выделяет фамилию из ряда прозвищ по внешности или характеру. Родственные фамилии — Мисюрев, Мисюрников — встречаются реже, но все они отталкиваются от того же корня.

Точных сведений о географии фамилии мало, но по модели образования и основе можно предположить, что она возникла в центральных русских землях, где служилое сословие было многочисленным. В любом случае, потомок человека по прозвищу Мисюра со временем получил фамилию Мисюрин, и сегодня она звучит как напоминание о воинском быте давних эпох.