Фамилия Мисюнов, на первый взгляд, кажется простой по звучанию, но её происхождение не лежит на поверхности. Словообразовательная модель указывает на типичный русский патроним: суффикс -ов означает «сын» или «потомок». Основа же — Мисюн — это, скорее всего, прозвище или уменьшительная форма от какого-либо личного имени.

Самая вероятная версия связывает основу с именем Михаил. В народной речи, особенно в южнорусских и украинских говорах, имя Михаил нередко сокращали до Мися, Мисюк, Мисюн. Суффикс -юн придаёт уменьшительно-ласкательный или, в некоторых случаях, пренебрежительный оттенок, характерный для бытовых прозвищ. Таким образом, Мисюнов — это «сын Мисюна», а сам Мисюн — домашнее, нецерковное прозвище Михаила.

Вторая, менее распространённая гипотеза, выводит прозвище из диалектного глагола «мисюкать» или «мисюнить», что в ряде областей означало «говорить невнятно, мямлить, сюсюкать». В этом случае прозвище Мисюн могли дать неразговорчивому, тихому или, наоборот, человеку с дефектом речи. Однако эта версия уступает первой по частотности: имена-патронимы от канонических имён в русской ономастике встречаются гораздо чаще, чем прозвища по речевым особенностям.

Географически фамилия Мисюнов тяготеет к югу России, особенно к Ростовской области и Краснодарскому краю, а также встречается на Украине, что подтверждает связь с южнорусской и украинской традицией сокращения имени Михаил. Интересно, что в некоторых документах XIX века фамилия могла писаться через «а» — Масюнов, что отражает акающее произношение, свойственное этим регионам. Социально носители фамилии чаще всего были крестьянами или мещанами, и фамилия фиксировалась в ревизских сказках и метрических книгах именно в южных губерниях Российской империи.