Фамилия Мисюнас представляет собой вариант славянской фамилии Мисюн, адаптированной прибалтами. Фамилия Мисюн происходит от аналогичного имени. В свою очередь, имя Мисюн является производной формой имени Михаил. Оно было довольно распространённым в Европе, поэтому у него существует множество производных форм: Миха, Миша, Михайло, Михал, Михалко, Мисюня. Имя Михаил происходит от древнееврейского слова “ми-ха-эль” и означает «кто – как Бог». Имя Михаил было популярно в старину, поэтому часто встречалось в святцах: в истории православия есть несколько святых покровителей имени Михаил. Скорее всего, основатель рода Мисюн был человеком из простого сословия. Не все литовско-латышские фамилии образованы от балтийских основ. Прибалтийские фамилии могут быть образованы от личного прозвища или от имени (христианского или языческого).