Фамилия Мисюнис — довольно редкая для России, но хорошо узнаваемая в Литве и на северо-западе Беларуси. Её окончание -ис выдаёт литовское происхождение: это характерный патронимический суффикс, который в литовской традиции присоединяли к основе, чтобы указать на принадлежность к роду. Если бы фамилия была русской, она звучала бы как Мисюнин или Мисюков, но суффикс -ис сохранил балтийский след.

Основа фамилии — Мисюн- — скорее всего, восходит к литовскому личному имени Misius или Misius, которое, в свою очередь, является краткой формой от христианского имени Дмитрий (литовский вариант — Mykolas или Demetrijus, но в народной среде имя часто усекали). Впрочем, есть и другая версия: в литовском языке слово misius может означать «смесь» или «мешанина», и тогда прозвище Мисюнис могли дать человеку, который занимался смешиванием продуктов (например, мельник или пивовар). Однако первая версия — патронимическая — выглядит убедительнее: фамилии на -ис в Литве чаще всего образовывали именно от имён, а не от нарицательных слов.

Географически Мисюнис — типичная фамилия для исторической Жемайтии и Аукштайтии, а в Россию она попала вместе с переселенцами из западных губерний в XIX — начале XX века. Носители фамилии могли быть крестьянами или мещанами: в Литве фамилии на -ис не указывали на дворянство, а были массовыми среди простого населения. Встречается также редкий вариант написания — Мисюнис с ударением на первый слог, что характерно для говоров северной Литвы, где ударение в таких фамилиях часто падает на корень.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Мисюн, Мисюнас, Мисюнене) подтверждает, что все они — вариации одного гнезда, где меняется только суффикс в зависимости от пола и диалекта. Если ваш предок носил фамилию Мисюнис, он почти наверняка был литовцем или белорусом из приграничных районов, а сама фамилия — не прозвище по занятию, а указание на то, что его отца или деда звали Мисюс (народная форма Дмитрия).