Фамилия Мисюгов — один из тех случаев, когда за внешне простой формой скрывается неочевидная основа. Сразу скажем: ни с каким «мисом» или «миссом» она не связана. Ключ к разгадке лежит в диалектной и уменьшительной лексике.

В основе фамилии лежит имя или прозвище Мисюг. Это производная форма от канонического имени Михаил через цепочку народных вариантов: Михаил → Миша → Мисюк → Мисюг. Суффикс -юг (как в Витюг от Витя, Костюг от Костя) характерен для северных и южнорусских говоров, он придаёт имени оттенок фамильярности или даже пренебрежения. Таким образом, Мисюг — это «маленький Миша» или, в зависимости от интонации, «Миша, с которым запанибрата».

Патронимический суффикс -ов указывает на прямое происхождение: Мисюгов буквально значит «сын Мисюга». Фамилия образована по самой распространённой в России модели, но редкая основа делает её заметной. Сравните с более частотными Мисюков, Мисюрев — все они восходят к одному корню, но разошлись в диалектных вариантах.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью. Встречается в Воронежской, Ростовской областях, а также в Краснодарском крае. Это косвенно подтверждает южнорусскую природу суффикса -юг. Среди носителей фамилии были крестьяне и однодворцы — потомки служилых людей, охранявших южные рубежи Московского государства в XVI–XVII веках.

В дореволюционных источниках фамилия могла писаться и через «о» — Мисюгов, и через «а» — Мисюгав, но современная орфография закрепилась с буквой «о». Редкость фамилии объясняется именно диалектной замкнутостью: в центральных губерниях предпочитали форму Мисюков, а на севере — Мисюрев.