Фамилия Масюткин образована от личного имени или прозвища Масютка, и в её основе лежат две равноправные версии, каждая из которых объясняет происхождение по-своему.

Первая версия связывает имя Масютка с народной, уменьшительной формой крестильного имени Максим или Максимилиан. Оба эти имени восходят к латинскому слову «maximus», что значит «самый большой», «величайший». В православной традиции одним из покровителей имени Максим почитается преподобный Максим Кавсокаливит, подвизавшийся на Афоне в XIII веке. Уменьшительные формы имён на Руси были многообразны: от Максима могли образовать и Максюту, и Масюту, и Масютку. В этом случае фамилия Масюткин означает «сын Масютки», то есть потомок человека, носившего это домашнее имя.

Вторая версия заставляет взглянуть на имя Масютка как на нецерковное, языческое. В украинском языке есть слово «масюнiнький» — «маленький», «крошечный». Традиция нарекать ребёнка именем со значением «маленький» сохранялась ещё долго после крещения Руси, потому что такие имена, по поверьям, должны были обмануть злых духов и защитить младенца. Этот обычай породил целый пласт фамилий, образованных от имён Малой, Малец, Масюта, Масюк, и фамилия Масюткин стоит в этом же ряду. Потомок человека по прозвищу Масютка, то есть «малыш», со временем получал фамилию Масюткин.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность, отвечая на вопрос «чей?». Масюткин — значит «сын Масютки», «ребёнок Масютки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Среди носителей фамилии есть люди, оставившие заметный след в науке и образовании. К ним относится Евгений Петрович Масюткин — ректор Керченского государственного морского технологического университета, кандидат технических наук, специалист в области энергетики. Его биография подтверждает, что фамилия, какое бы скромное прозвище ни лежало в её основе, не мешает человеку достичь высоких профессиональных вершин.