Фамилия Малюткин образована от личного имени или прозвища Малютка. В русских семьях, где ребенка ласково называли Мальцом, Малютой или Малышом, это имя могло закрепиться за ним на всю жизнь. Даже повзрослев, человек продолжал носить «домашнее» прозвище, которое в итоге перешло в фамилию.

Словообразовательная модель проста: основа «Малютк-» плюс суффикс -ин, который в русских фамилиях отвечал на вопрос «чей?» и указывал на принадлежность главе семьи. То есть Малюткин — это «сын Малютки» или потомок человека, которого звали Малюткой.

Есть и вторая версия происхождения, не противоречащая первой: Малютка могло быть не детским именем, а прозвищем, которое давали взрослому человеку за невысокий рост. В таком случае фамилия напрямую описывает внешнюю особенность предка. Обе гипотезы сходятся в одном: корень «мал-» указывает на что-то маленькое, будь то возраст или рост.

Стоит заметить, что фамилия Малюткин не слишком распространена, что говорит о её позднем закреплении или локальном бытовании. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые доминировали в центральной России, модель на -ин чаще встречалась в северных и южных регионах, а также в среде непривилегированных сословий — крестьян и мещан.

Из известных носителей можно назвать Валентина Алексеевича Малюткина (родился в 1935 году). Он был кандидатом юридических наук, профессором, заведовал кафедрой уголовно-правовых дисциплин и работал деканом юридического факультета Чувашского государственного университета имени И. Ульянова. Его пример показывает, что фамилия бытует не только в народной среде, но и в академических кругах.