Фамилия Малютенко звучит на украинский лад, и это не случайно. Суффикс -енко — один из самых распространённых в украинской ономастике. Он образует фамилии по модели «чей сын?» или «кто?», то есть буквально Малютенко — это «маленький сын» или, точнее, «сын Малюты». Основа здесь — прозвище Малюта, которое в старину давали человеку невысокого роста, коренастому или просто младшему в семье. Слово «малюта» в восточнославянских говорах означало «малыш», «кроха», «коротышка». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще фиксировали принадлежность отцу (Петров — сын Петра), суффикс -енко в XVI–XVII веках активно использовался на землях Речи Посполитой и Гетманщины для обозначения потомка по прозвищу, причём часто — в среде казачества и крестьянства.

Интересно, что фамилия Малютенко могла возникнуть и как патроним от имени Малюта — уменьшительной формы от Малафей, Мал, а то и от канонического Емельян. Однако самое известное историческое лицо с таким прозвищем — опричник Ивана Грозного Малюта Скуратов. Его настоящее имя было Григорий Лукьянович Скуратов-Бельский, а прозвище «Малюта» он получил за низкий рост или, по другой версии, за привычку «малиться» (льстиво угождать). Вряд ли носители фамилии Малютенко ведут род напрямую от опричника — фамилии на -енко в XVI веке в Московском государстве почти не встречались, они характерны для южнорусских и украинских земель. Скорее всего, предок Малютенко был просто невысоким человеком, жившим на территории современной Украины или юга России, и его дети закрепили это прозвище в качестве родового имени.

Географически фамилия Малютенко сегодня чаще всего встречается в Украине (особенно в центральных и восточных областях), а также в приграничных регионах России — Белгородской, Курской, Воронежской областях. Есть и однокоренные варианты: Малютин (русская форма, с суффиксом -ин), Малюта (как фамилия без суффикса), Малютинский (польско-шляхетская модель). Таким образом, Малютенко — прозрачная фамилия, которая напрямую говорит о внешности или возрасте родоначальника: он был невелик ростом, за что и получил прозвище, перешедшее к детям.