Фамилия Малютова образована от мужского личного имени или прозвища Малюта. Чаще всего так в русских семьях называли самого младшего, маленького ребенка — ласковое домашнее имя, которое могло закрепиться за человеком на всю жизнь, независимо от того, какого роста он в итоге вырастал. В старину такие «внутрисемейные» имена (Малыш, Малец, Малюта) были в ходу наравне с крестильными и легко переходили в фамилии.

По другой версии, прозвище Малюта могли дать уже взрослому человеку за невысокий рост. В этом случае фамилия напрямую указывала на внешнюю примету, по которой предка выделяли в деревне или городской слободе. Обе гипотезы сходятся в одном: корень здесь — общеславянский *mal-, обозначающий что-то маленькое.

Фамилия оформлена типичным русским суффиксом -ов-, который указывает на принадлежность: «чей?» — Малютов, то есть сын, потомок Малюты. Женская форма Малютова — это та же фамилия, закрепившаяся за женщинами по отцу или мужу.

Стоит отметить, что имя Малюта в истории не было редким: самый известный носитель — опричник Ивана Грозного Малюта Скуратов, но его фамилия образована от другого прозвища (Скурат — «вытертая кожа»), и к фамилии Малютова прямого отношения не имеет. Однако сам факт известности имени Малюта говорит о том, что оно бытовало в разных слоях русского общества XVI–XVII веков.

В современных источниках фамилия Малютова встречается нечасто, преимущественно в центральных и северных областях России. Это не массовая, но устойчивая фамилия, сохранившая в себе старое русское мирское имя, которое давно вышло из обихода.