Фамилия Малюта происходит от аналогичного мирского имени. Малютой родители называли ребенка, вероятно, желая подчеркнуть миниатюрность своего малыша. Подобные мирские имена (Малик, Малюк, Малец, Малек, Малой) были очень распространены в XI-XVI веках среди всех сословий и на всей территории расселения восточных славян.