Фамилия Малюта образована от древнерусского мирского имени Малюта. В XI–XVI веках такие имена, основанные на корне «мал», были повсеместно распространены у восточных славян. Родители называли так ребёнка, желая подчеркнуть его миниатюрность или маленький рост, — это было ласковое внутрисемейное прозвище, которое со временем закреплялось как фамилия.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: суффикс -ут- (как в именах Михута, Никута) придавал основе «мал» оттенок уменьшительности или принадлежности. Такие формы были типичны для нецерковных имён, которые в быту заменяли крестильные. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые указывали на отца (чей сын?), форма Малюта сама по себе была личным именем, а позднее перешла в фамилию без дополнительных суффиксов.

По сословному составу фамилия не была закреплена за каким-то одним слоем. Мирские имена вроде Малюта, Малец, Малой, Малюк встречались и среди крестьян, и среди бояр. Самый известный носитель — опричник Ивана Грозного Малюта Скуратов, но его фамилия — прозвищная (Скуратов), а Малюта было личным именем. Это показывает, что в XVI веке имя Малюта уже не воспринималось как детское прозвище, а могло быть официальным.

Географически фамилия рассредоточена по всей России, но чаще встречается в северных и центральных областях, где дольше сохранялась традиция нецерковных имён. В украинских и белорусских землях аналогичные фамилии (Малюта, Малюк) тоже фиксируются, но там активнее работала модель с суффиксом -ук/-юк.

Спорных версий происхождения нет: корень очевиден, а альтернативные объяснения (например, от тюркского «мал» — скот) лингвистически слабы и не подтверждаются ареалом бытования. Фамилия Малюта — один из немногих случаев, когда древнее мирское имя сохранилось в исходной форме, без наращивания фамильных суффиксов.