Фамилия Манюта построена по довольно редкой словообразовательной модели: суффикс -ут-/-ют- (Ман-ют-а) присоединялся к основе имени или прозвища, образуя ласкательную или уменьшительную форму. Такие фамилии чаще встречаются в западных и южных регионах России, на Украине и в Беларуси, где была распространена традиция называть человека по «уличному» семейному прозвищу, а не по отчеству.

Самое прямое объяснение — от уменьшительной формы имени Мария. В народной речи имя Мария давало множество производных: Маша, Маня, Манюта, Манюша. Древнееврейское значение имени Мария — «любимая, желанная» или «госпожа». Менее вероятная версия связывает основу с мужским именем Эммануил («с нами Бог»), от которого тоже могли образовать краткую форму Маня, а от неё — Манюта. Однако имя Эммануил было редким в крестьянской среде, поэтому версия с Марией выглядит убедительнее.

Есть и третий вариант: фамилия могла произойти не от имени, а от прозвища Манюта, связанного с глаголом «манить». В славянских говорах «манить» означало не только «звать посулами» или «обманывать», но и «медлить, мешкать». Прозвище Манюта могли дать человеку неспешному, задумчивому, либо, наоборот, тому, кто любил завлекать обещаниями.

В пользу прозвищного происхождения говорит и суффикс -юта: он часто встречается в фамилиях, образованных от глагольных основ (например, Гуля — Гулюта, Мазать — Мазута). Если бы фамилия была чисто «именной», скорее ждали бы форму Манютин или Манютов, а не Манюта. Сохранение окончания -а в фамилии указывает на её украинское или белорусское происхождение, где такие «патронимы на -а» были нормой.

Таким образом, фамилия Манюта с равной вероятностью могла означать «сын (или потомок) Мани» (ласкательное от Марии) либо «тот, кого прозвали Манютой» за манеру манить или мешкать.