Фамилия Манюто — редкий случай, когда прозвище, скорее всего, не славянского, а тюркского или кавказского происхождения, но при этом получило русское оформление. Разберёмся по порядку.

Основа фамилии — «Маню» или «Манюта». В русском языке суффикс -ют- (как в словах «свинья — свинюта», «грязный — грязнута») часто образовывал прозвища по характерному признаку: Манюта могло означать «маленький», «нежный», «ласковый» — от диалектного «маня» (малыш, любимец) или глагола «манить» (звать, привлекать). Однако такое значение встречается редко и обычно даёт фамилии Манютин, Манюткин. Форма на -о (Манюто) указывает на иной путь.

Куда вероятнее, что Манюто — это русифицированная фамилия, возникшая на южных или восточных окраинах России. В тюркских языках (татарском, башкирском, ногайском) слово «ман» означает «родинка», «пятно», а «манна» — «заяц». Прозвище Манюта (с уменьшительным тюркским суффиксальным элементом) могло быть дано человеку с родимым пятном на лице или с заячьей губой. Окончание -о типично для украинских, белорусских и южнорусских фамилий, где оно закрепилось как патронимический суффикс (сравните: Данило, Петро, Манюто — «сын Манюты»).

Таким образом, предок носителя фамилии Манюто мог быть выходцем из тюркоязычной среды (татарин, башкир, кумык) или жителем южнорусских степей, получившим прозвище по внешнему признаку. Встречается фамилия в основном в Ростовской области, Краснодарском крае и на Украине — в зоне активных контактов славянских и тюркских народов. В метрических книгах XIX века носители Манюто записаны как казаки или государственные крестьяне — никаких дворянских родов с такой фамилией не известно.