Фамилия Манютин происходит от просторечной формы имени Мария — Манюта. Само имя Мария в переводе с древнееврейского означает «любимая, желанная» или «госпожа». Манюта — это одна из уменьшительных вариаций, как Маша, Маня или Манюша. По этой версии, фамилия образована по типичной русской модели: к основе женского имени добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Манютин, то есть сын или потомок Манюты). Такие «матримониальные» фамилии встречаются реже, чем образованные от мужских имён, но вполне обычны для северных и центральных губерний России.

Есть и другая, менее вероятная версия: Манюта может быть производной от мужского имени Эммануил (в переводе — «с нами Бог»). Однако в обиходе Эммануила чаще называли Мануилом или просто Манюшей, а форма «Манюта» для мужского имени встречается крайне редко.

Наконец, нельзя исключать прозвищного происхождения. Глагол «манить» в славянских говорах имел несколько значений: «звать посулами», «дразнить, обманывать», а также «ждать, медлить». Прозвище Манюта могли дать человеку, который любил завлекать обещаниями, или, наоборот, тому, кто был нерешительным и медлительным. Со временем это прозвище закрепилось за его детьми в форме фамилии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность, что типично для фамилий, образованных от слов женского рода или от прозвищ, оканчивающихся на -а. Таким образом, Манютин — это «сын Манюты», будь то женщина по имени Манюта или мужчина с соответствующим прозвищем. Фамилия редкая, её носители встречаются в основном в центральных областях России, что говорит о локальном бытовании исходного имени или прозвища.