Фамилия Малютка — один из тех случаев, когда прозвище перешло в наследственное имя без каких-либо суффиксов, то есть в «чистом» виде. Это так называемая непроизводная фамилия, характерная в основном для украинской и белорусской традиции (сравните: Голова, Сорока, Шевченко). В русском ономастиконе такие фамилии встречаются реже, но тоже бытуют, особенно на юге и западе.

Основа фамилии — слово «малютка» в значении «маленький ребенок, младенец» или, шире, «невысокий, крошечный человек». Прозвище Малютка могли дать младшему сыну в семье, человеку очень маленького роста или тому, кто сохранял юношескую внешность до зрелых лет. В древнерусских говорах слово могло иметь и ласкательный оттенок — так называли любимца, «маленького да удаленького». Не стоит путать фамилию с прозвищем Малютой (как у опричника Малюты Скуратова) — это разные корни: Малюта восходит к тому же значению «малый», но через другую словообразовательную модель.

Интересно, что у фамилии нет «стянутой» формы на -ов или -ин, типичной для великорусских фамилий. Если бы Малютка обрусела по полной программе, мы бы имели Малюткина или Малютина. Сохранение окончания -а указывает либо на украинско-белорусское происхождение рода, либо на то, что фамилия закрепилась в письменных источниках достаточно поздно, когда прозвища уже не переделывали под стандартный шаблон.

Встречается фамилия и в польской традиции (Malutka), где могла быть образована от прилагательного «маленький» (malutki), но чаще как прозвище того же смыслового ряда. В документах XVII–XVIII веков на территории Речи Посполитой упоминаются крестьяне и мещане с таким прозванием — никакого дворянского или казацкого ореола у фамилии нет, она сугубо простонародная и указывает скорее на внешность или возраст человека, чем на его занятие.