Основой фамилии Малюткина послужило мирское имя Малютка. В семьях маленького ребенка часто называли просто Мальцом, Малютой, Малышом, Малюткой. И даже когда ребёнок становился взрослым, он по-прежнему носил детское имя Малютка, которое впоследствии закрепилось в фамилии. Согласно другой гипотезе, фамилия Малюткина восходит к прозвищу Малютка, которое указывало на особенности внешности человека, а именно — невысокий рост. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Малютка, со временем получил фамилию Малюткина.