Фамилия Малюткина — это классический пример того, как семейное прозвище, данное по росту или возрасту, закрепилось в родовом имени. В её основе лежит мирское имя или прозвище Малютка.

В русских семьях маленького ребёнка часто называли просто Малюткой, Малышом, Мальцом или Малюто́й. Такое домашнее имя могло закрепиться за человеком на всю жизнь, даже когда он вырастал. Потом уже его дети и внуки получали фамилию по этому семейному прозвищу: «чей?» — Малюткин. Так образовалась и фамилия Малюткина (женская форма от Малюткин).

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность (чей сын, чья дочь), а основа — имя Малютка. Это типичная «патронимическая» фамилия, каких много в русском ономастиконе: Иванов, Петров, Малюткин.

Есть и вторая версия происхождения. Малюткой могли прозвать взрослого человека за невысокий рост. В этом случае фамилия указывает не на детское имя, а на внешнюю примету. Обе гипотезы имеют право на жизнь, но первая — через внутрисемейное имя — встречается чаще, так как в быту детей называли уменьшительными именами повсеместно, и такие прозвища легко переходили в фамилии.

Интересно, что фамилия Малюткина сохраняет древнюю фонетику: ударение, скорее всего, на первый слог (Ма́люткина), что соответствует произношению исходного имени. Встречается она преимущественно в центральных и северных регионах России, где суффикс -ин особенно распространён. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Малышев, Мальцев, Малютин — то Малюткин стоит в том же ряду «детских» прозвищ, но звучит чуть ласковее, с оттенком нежности, который когда-то вложили в имя ребёнка.