Фамилия Малютина — одна из тех, что хранят в себе домашнее, семейное прозвище. В её основе лежит имя или ласкательное обращение Малюта, которое в старину давали детям. Корень здесь — от слова «малый», «маленький», а суффикс -ут- (как в словах «малютка», «милута») придаёт уменьшительно-ласкательный оттенок. Так родители могли называть младшего ребёнка, позднего или просто любимого малыша.

По модели образования фамилия относится к типично русскому типу на -ин. Такие фамилии обычно возникали от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я: Малюта → Малютин сын → Малютины. Со временем форма закрепилась за потомками, и женщина, носящая фамилию Малютина, — прямая наследница того самого Малюты.

Самое известное историческое лицо с этим корнем — опричник Ивана Грозного Малюта Скуратов. Однако его прозвище, вопреки распространённому мнению, не имеет прямого отношения к слову «маленький». Специалисты по ономастике, в частности Б. Унбегаун, связывают его с белорусским или украинским «малюта» в значении «коротышка», но это скорее совпадение формы, а не родство. Фамилия Малютина в подавляющем большинстве случаев ведёт родословную от безобидного домашнего имени, а не от грозного исторического персонажа.

Географически фамилия распространена преимущественно в центральных и северных областях России, что типично для фамилий на -ин. Встречается она и в формах Малютин (мужская), но женский вариант Малютина сохранил исходное ударение на второй слог.

Если разбирать словообразовательную модель глубже, то суффикс -ут- в русских прозвищах встречается нечасто. Он придаёт слову оттенок нежности или, реже, иронии. В паре с корнем «мал-» он создаёт образ маленького, возможно, самого младшего в семье ребёнка — того, кого баловали и ласково называли Малютой. Так что предки современных Малютиных, скорее всего, были просто чьими-то любимыми «малышами», и это прозвище закрепилось за их родом на века.