Фамилия Митрошер — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, здесь нет указания на отца (Иванов — сын Ивана). Вместо этого мы видим модель, типичную для западных и южных славянских языков, а также для еврейских фамилий, образованных от профессий.

Скорее всего, основа «митрошер» — это искажённое или фонетически адаптированное немецкое слово. В немецком «Mittelscher» или «Mittelscherer» могло означать «средний стригаль» или «тот, кто работает со средним инструментом», но более правдоподобная версия — связь с «Mittelschreiber» (средний писец, канцелярист) или с «Mittelscher» как вариантом фамилии ремесленника. Однако есть и другая, более прямая версия: в немецком языке существует слово «Mittelscher» (от «scheren» — стричь, резать), которое могло обозначать подмастерье-суконщика, работавшего на среднем этапе обработки шерсти. Фамилия могла попасть в Россию вместе с переселенцами-ремесленниками из Германии в XVIII–XIX веках, особенно в южные губернии и Поволжье.

Второй вариант — фамилия могла возникнуть на базе русского прозвища, но с необычным суффиксом. Если отбросить «-ер» (несвойственный русскому языку), остаётся корень «Митрош-». Он легко выводится из имени Митрофан (в просторечии — Митроха, Митроша). Тогда «Митрошер» — это украинская или белорусская форма фамилии, где суффикс «-ер» (от польского «-arz» или немецкого «-er») указывает на профессию: «человек Митроши», то есть работник или слуга человека по имени Митрофан. Такая модель (основа имени + -ер) встречается в польских фамилиях типа «Михалер» (от Михал) или «Янекер» (от Ян).

Однозначного ответа нет, но наиболее вероятно, что Митрошер — это фамилия профессионального происхождения, пришедшая из немецкоязычной среды (суконщик, стригаль) или же западнорусская фамилия, указывающая на принадлежность к конкретному хозяину. В любом случае, это не крестьянская фамилия в классическом русском понимании, а скорее след межкультурного контакта или позднего городского образования. Носителей фамилии сегодня крайне мало, что подтверждает её локальный и нерусский по происхождению характер.