Фамилия Мижутис — хороший пример того, как по одной лишь концовке можно с высокой точностью определить происхождение её носителя. Суффикс -ис указывает на литовские корни: в литовском языке это типичный показатель мужского рода в именительном падеже (аналог русского окончания -с в фамилиях типа Лауринас, Буткус). Таким образом, Мижутис — это не русифицированная и не полонизированная форма, а фамилия, сохранившая исходное литовское оформление.

Основа Мижут- восходит к литовскому личному имени или прозвищу. Наиболее вероятная версия — от уменьшительной формы имени Мижутис, которое, в свою очередь, образовано от балтского корня *miz- со значением «маленький, мелкий». В литовском языке есть слово mizas — «малыш, кроха». В таком случае фамилия означает «маленький Мижус» или просто «малыш», и давали её, скорее всего, невысокому человеку или младшему в семье. Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь с польским или белорусским словом «мига» (моргать, мигать), но литовская модель образования здесь убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к историческим землям Великого княжества Литовского — современной Литве и пограничным районам Беларуси (особенно Витебская и Гродненская области). В России Мижутисы встречаются редко и, как правило, являются потомками переселенцев конца XIX — начала XX века, когда многие литовские крестьяне уезжали в Сибирь и на Дальний Восток в поисках земли.

По сословной принадлежности Мижутисы — почти наверняка крестьянский род. Дворянские литовские фамилии чаще оканчиваются на -вичюс или имеют более сложную структуру, а короткие прозвищные формы на -ис типичны именно для простых людей. Никаких известных исторических деятелей с такой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её народное, бытовое происхождение.